Su origen ha sido muy discutido a partir de su nombre. Hace unos 2.000 años, el geógrafo griego Strabon mencionó una ciudad de Sicilia llamada Mélita, de gran fama por sus pequeños perros exportados a todo el mundo por su gran belleza.
Unos piensan que Malta es su verdadero origen y otros le sitúan en la isla adriática Meleda.
Los especialistas italianos han tenido la idea de recoger de la etimología la denominación de "melitéen" dado a uno de los siete tipos de perros conocidos por el gran naturista Aristóteles.
El nombre proviene de "malat", un vocablo semita que significa refugio o puerto. El Maltés es pues originalmente un perro de puerto, aunque no es un perro marino. Este can servía para la caza de los ratones y las ratas de los barcos y almacenes de tierra, siendo así el primer "ratero" de la historia.
Con relación a la lingüística de su nombre, se podría pensar que ha sido seleccionado en el antiguo Egipto (se halló en las tumbas de los faraones estatuas que pueden evocar este tipo de perros) y difundido por distintos pueblos de comerciantes mediterráneos. A causa de su pequeña talla, y también de sus cualidades de desratizador, se convirtió rápidamente en un perro de compañía mimado por las ricas residencias griegas y después romanas, adquiriendo poco a poco un pelaje largo y sedoso.
El nombre de "Bichón" es claramente menos antiguo; fue adoptado en época del Renacimiento en Francia y es una contracción de "barbichón" que significa barbillas. Evidentemente se le puso este mote a razón de la característica barbilla de este perro. La aportación de las pequeñas barbillas (ancestros de los Caniches) ha hecho erizar el pelo de los Bichón. Esta práctica se ha convertido en tan típica, que a la acción de erizar el pelo, se le denomina también "bichonear".
Poco a poco se llegó a los periodos en que el tipo maltés se diluyó un poco a causa de los cruces para dar paso a los nacimientos de numerosas variedades de pequeños perros de compañía. A menudo era difícil para los dueños distinguir, por ejemplo, un Bichón, de un Caniche.
La realeza no practicaba la cría de sus perros de lujo sino que simplemente los compraban, a precio de oro, muy a menudo en Italia. Los oscuros criadores que seleccionaban los especimenes más pequeños, de pelo más fino que largo, no dejaron prueba escrita de su proceder.
Además, se tenía la costumbre de rasurar el pelo de algunas partes del cuerpo (normalmente al estilo león), o erizarlo.
El Maltés ha ido evolucionando sin desaparecer nunca. Por ello, se encuentran especimenes desde la aparición de las primeras exposiciones caninas de Inglaterra. Es muy posible que haya participado en la creación de algunas razas modernas, en particular podría ser el ancestro de la raza canina Yorkshire Terrier.
Hoy en día, no es tampoco un perro muy difundido. Tanto en Francia como en Inglaterra se contabilizan alrededor de 500 nacimientos o más cada año. En Alemania casi no se llega a las 600 inscripciones anuales y en el país de origen se contabilizan alrededor de 800.
